Aplikasi Populer

🔥 Selamat datang di Aplikasi Populer — Jelajahi tren terbaru tentang safest-roulette-bet!

Analisis Mode Normal untuk Protein dan Asam Nukleat

Untuk menjelajahi gerakan kolektif protein dan asam nukleat menggunakan Analisis Mode Normal (NMA) dalam koordinat internal (ruang torsional), kirimkan koordinat atom dalam format PDB (3.x). Atom tulang punggung N, CA, dan C wajib untuk definisi sudut dihedral. Waktu eksekusi maksimum adalah 10 menit, tetapi Anda dapat menggunakan alat iMOD mandiri untuk proses yang lebih lama.

Tampilan Dasar

Masukkan file PDB Anda. Opsi: CG, Email (opsional).

Tampilan Lanjutan

Perhitungan NMA dapat disesuaikan lebih lanjut. Periksa tutorial iMODS untuk detailnya. Masukkan koordinat atom dalam format PDB (3.x), termasuk atom tulang punggung N, CA, dan C untuk definisi sudut dihedral. Waktu eksekusi maksimum adalah 10 menit. Atur parameter: Jumlah Mode, Perbaikan: Acak / SS, Model Jaringan Elastis, Potong, Kluster, Deformasi. Nama pekerjaan (opsional). Opsi ahli (opsional).

Morphing

Jalur transisi yang layak antara dua konformasi berbeda dari protein atau asam nukleat dapat dijelajahi. Koordinat atom kedua struktur harus disediakan dalam format PDB 3.x, termasuk atom tulang punggung N, CA, dan C. Makromolekul homolog dapat diproses (identitas sekuens 100% tidak wajib). Waktu eksekusi maksimum 10 menit. File PDB awal, file PDB target, opsi CG, Email (opsional), jumlah mode, perbaikan, metode penyelarasan ΔCα-RMSD, nama pekerjaan (opsional), opsi ahli (opsional).

Hasil

Masukkan ID pekerjaan Anda, atau pilih contoh.

Galeri

Jelajahi contoh-contoh yang telah dihitung sebelumnya. Kirim email jika ingin membagikan pekerjaan Anda.

- NMA: Adenylate Kinase (terbuka)
- NMA: Calcium ATPase
- NMA: Nucleosome Core (Histones/DNA)
- MORPH: Bacterial Flagellum (R->L)
- NMA: GroEL/ES
- MORPH: Adenylate Kinase (homolog)
- MORPH: Bacterial tRNA
- NMA: GroEL cis-monomer
- MORPH: GroEL ring (trans->cis)
- MORPH: GroEL monomer (trans->cis)
- NMA: GroEL trans-monomer
- NMA: Onconase Zymogen
- NMA: Cowpea Chlorotic Mottle Virus
- NMA: Satellite Tobacco Mosaic Virus
- NMA: HIV-1 Protease
- MORPH: GroEL monomer (cis->trans)
- NMA: Bacterial RNA polymerase (protein)
- NMA: Bacterial RNA pol. (prot.+RNA+DNA)

Referensi

López-Blanco JR, Aliaga JI, Quintana-Ortí ES dan Chacón P. (2014) iMODS: Internal coordinates normal mode analysis server. Nucleic acids research. 42:W271-6.

López-Blanco JR, Garzón JI, Chacón P. (2011) iMod: multipurpose normal mode analysis in internal coordinates. Bioinformatics. 27 (20): 2843-2850.

Kovacs J., P. Chacón, R. Abagyan. (2004) Predictions of Protein Flexibility: First Order Measures. PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics. Proteins. 56(4):661-8.

Keamanan dimulai dengan memahami cara developer mengumpulkan dan membagikan data Anda. Praktik privasi dan keamanan data dapat bervariasi berdasarkan penggunaan, wilayah, dan usia Anda.

T: Bagaimana cara mengunduh Aplikasi Populer?
J: Cukup klik tombol instal berwarna hijau di bagian atas dan ikuti instruksi amannya.

T: Apakah ada risiko menggunakan Aplikasi Populer?
J: Tidak ada risiko! Aplikasi Populer telah diuji secara menyeluruh dan dinyatakan aman oleh otoritas terkait.